A causa di una cospirazione politica, un innocente viene mandato nel braccio della morte e la sua unica speranza è suo fratello, che farà di tutto per farsi spedire deliberatamente nella stessa prigione per poter evadersi insieme.
Nella quarta stagione, evasi dal penitenziario di Sona (Panama), Michael Scofield e Lincoln Burrows cercano giustizia contro la Compagnia, che ha ucciso la Dott.ssa Sara Tancredi.