A causa di una cospirazione politica, un innocente viene mandato nel braccio della morte e la sua unica speranza è suo fratello, che farà di tutto per farsi spedire deliberatamente nella stessa prigione per poter evadersi insieme.
In questa drammatica terza stagione, Michael Scofield viene ingiustamente incarcerato nell'infernale penitenziario di Sona (Panama), dove non esiste via di scampo.