Il Capitano Crackers cerca di aiutare i propri allievi con un oggetto speciale per fargli vincere la sfida di battaglia navale.

Finn viene deriso per i suoi stivali malconci e così chiede aiuto a Carmasseh per trovarne di nuovi così da fare bella figura per il ritratto piratesco. Gli stivali costringono Finn a non potersi muovere come desidera. Questo sarà causa di scontri.

Gli Zefiri vengono presi di mira da Conan, che ruba loro la colazione. I Plancton vogliono aiutarli e insieme a loro creano una bambolina voodoo di Conan per fargli eseguire degli ordini.

Andrew scopre di soffrire di mal di mare e, per nasconderlo ai suoi compagni, cerca una soluzione combinando danni.

Finn, invidioso delle storie di Gustav, decide di inventarsene una tutta sua. Questa bugia lo metterà nei guai con il capitano Stokes.

Andrew e Finn, dopo essersi accorti che Sam non ha ricevuto nessuna lettera perché orfana, decidono di scriverne una loro spacciandosi per un suo prozio.

Andrew perde la testa perché non riesce a spaccare una noce di cocco e rischia di essere espulso dall’Accademia.

Il Capitano Crackers rimane bloccata nel bagno. I suoi allievi, ascoltando una storia raccontata da Klein, sospettano che sia stata rapita da un gruppo segreto di pirati.

Un granchio enorme attacca l’Accademia, Finn e i suoi compagni cercano di risolvere la situazione ma sarà Conan ad avere la soluzione al problema.

Finn e i suoi compagni vanno alla ricerca di un tesoro misterioso che dovrebbe portargli fortuna, ma scopriranno una sorprendente verità.

Charlotte punisce Finn e Erika per aver litigato e li spedisce nella stanza dei compiti, dove dovranno fare una pedicure a Griff.

Andrew scrive un diario per l’abbordaggio delle navi. Non trovando più il libro pensa che sia stato rubato da un altro gruppo e iniziano così le indagini.

Il Capitano Crackers crea una statuetta per Griff. Andrew la distrugge per sbaglio e insieme ai suoi amici nasconde i pezzi in un baule. La statuetta verrà ritrovata e passeranno dei guai.

Finn, con l’aiuto di Andrew, decide di scrivere le sue memorie per quando sarà un famosissimo capitano.

Finn finisce sempre a pulire il ponte per i disastri che procura al Capitano Stokes. Sheela questa volta si offre di aiutarlo a pulire al posto suo. Sheela si ritrova ad essere al centro dell’attenzione per il suo modo divertente di pulire.

I Plancton devono scontrarsi contro i Bucanieri, Erika sente di nascosto che Finn gli insulta e così decide di sabotare l’appuntamento di Andrew, scambiando le boccette di profumo. Questo porterà Andrew a diventare amico di un granchio gigante.

I Plancton si alleano per partecipare alle Olimpiadi dei Pirati ma Alixe metterà zizzania tra Finn e Sam e questo creerà dello scompiglio.

La licenza del capitano Crackers è in pericolo. L’istruttore è arrivato per mettere in dubbio il suo insegnamento.

Andrew e Dolores vogliono osservare le stelle cadenti dalla coffa, ma dovranno contendersela con le altre squadre.

Durante un esame d'orientamento, Sam cerca di convincere i suoi amici di saper parlare con le scimmie. Le cose prenderanno una piega inaspettata...

Griff ruba la foto che ritrae la mamma di Finn. Quest’ultimo cerca di recuperarla da solo, ma non riuscendoci alla fine chiede aiuto.

Il Capitano Crackers non riesce a smettere di ridere quando affronta Stokes a duello, per via della sua uniforme. I Plancton la aiuteranno allenandola a resistere.

Finn salva accidentalmente Raoul da uno squalo e quindi lui diventa la sua guardia del corpo non perdendolo mai di vista.

La festa per l'anniversario dell'Accademia rischia di essere rovinata a causa di un'invasione di pulci. Andrew salverà la situazione.

Sam trova sulla spiaggia la collana di Big Pearl, una collana maledetta appartenuta ad una leggendaria piratessa del passato che permette di diventare praticamente invincibili...

Finn e Alixe vanno a guardare uno spettacolo notturno, disubbidendo agli ordini del Capitano Stokes. Li aspetta una punizione terrificante.

Il fratello del Capitano Crackers vuole portarla con sé alla caccia di un tesoro. Andrew, Finn e Sam cercano di convincerla a restare con loro.

I Plancton decidono di adottare un coniglio, ma quest’idea porterà scompiglio all’interno dell’accademia.

A causa di uno scontro con uno struzzo, Andrew crede di essere diventato uno di loro. I suoi compagni sfrutteranno l’accaduto per riuscire a vincere la caccia al tesoro.

Sta per iniziare la sfida dei diamanti e ogni capitano prepara la sua squadra. I Plancton perderanno la fiducia nel metodo del loro capitano.

I capitani dell’Accademia sembrano essere spariti e così i ragazzi dovranno cavarsela completamente da soli, non mancheranno litigi e disastri.

Leggendo una storia di Mark il Puzzolente, Finn decide di emularlo allontanando però tutti i suoi amici dalla nave.

Carmasseh parla ai ragazzi del Grande Libro dell’Accademia che raccoglie le più grandi imprese degli studenti e così tutti ne vogliono far parte.

Uno dei fratelli Mcfish ha un incredibile segreto da difendere e Sam lo aiuterà nell’impresa.

Il capitano Crackers svela un segreto ai suoi Plancton e Finn svela il suo segreto a un suo nuovo amico di penna ben poco misterioso.

Andrew trova delle conchiglie brillanti che destano l’interesse dei suoi compagni. Lui sfrutterà le conchiglie come merce di scambio per dei favori, ma questa cosa gli si ritorcerà contro.

I Capitani Stokes e Crackers confiscano delle carte da gioco ai loro studenti, ma diventano loro stessi appassionati. Pur di giocare non dormono la notte e iniziano a creare problemi.

Finn aiuta gli Zefiri con la vela e da quel momento si convince che loro abbiano sempre bisogno di una mano, così li segue di nascosto sull’isola per aiutarli in una missione affidatagli da Carmasseh.

Sam e Finn vogliono fare un regalo ad Andrew, ma purtroppo il regalo non arriva in tempo e sono costretti ad inventarsi uno stratagemma che metterà tutti e tre nei guai.

I gabbiani formano un teschio col loro stormo e questo viene considerato un cattivo presagio in tutta l’Accademia. Sam, a causa della sua voglia di farsi un tuffo in acqua, verrà incolpata come portatrice di sfortuna.

I fratelli McFish puniscono i Plancton per delle birbanterie a causa delle quali sono costretti a restare sulla nave mentre gli altri ragazzi vanno a sentire un concerto dei Piratica.

L’Accademia dei Pirati non naviga in buone acque. Essendo a corto di fondi, Finn e i suoi amici vanno alla ricerca del tesoro di Barba D’oro.

Inizia la parte finale della gara per decidere chi sarà il “Pirata dell’anno”. Sam verrà raggirata da Klein ma non è detta l’ultima parola.

I Mac Fish si ammalano e non possono più cucinare. Finn si offre per preparare il pranzo ma è talmente bravo che l’Accademia lo reclama come sostituto. I Mac Fish, non contenti, lo sfidano a un duello culinario.

Crackers e Finn si sfidano ad uno scherzo dietro l’altro, finché la cosa non gli sfugge di mano.

I Plancton sono convinti di essere diventati ottimi pirati e di non aver più bisogno dell'Accademia, allora, il Capitano Crackers li sfida a rubare l'elisir di suo fratello Francis.

Sam e Finn giocano con una palla di cannone e non fanno partecipare Andrew, che per ripicca cercherà di farli smettere di giocare.

Stokes, innamorato di una sirena, è convinto che potrà incontrarla in mezzo all'oceano. Sam, che inizialmente lo aveva aiutato a prepararsi per l’incontro, decide poi di persuaderlo che le sirene non esistono, con l'aiuto di Finn e Andrew.

Andrew sfida Gustav a navigare in mezzo alla nebbia. Plancton e Pavoni si ritrovano bloccati su un’isola deserta.

Scoppia un litigio tra Calista e Charlotte e i Plancton cercano di far fare pace ai due capitani.